2천명의 승객과 12명의 승무원을 실은 커버넌트호는 새로운 행성의 개척과 이주를 위해 항해 중이다. 인공지능 로봇 월터가 홀로 깨어 승무원들의 건강을 관리하던 중 예기치 못한 사고로 선장이 사망하고 승무원들이 깨어난다. 이들은 커버넌트호를 정비하던 중 인근의 행성으로부터 알 수 없는 신호를 감지한다. 여행에 지친 승무원들은 다니엘스의 반대에도 불구하고 행성을 탐사하기로 결정한다. 이들은 정체불명의 생명체에 감염되어 위기에 빠지지만 10년 전 사라졌던 프로메테우스호의 인공지능 로봇 데이비드의 도움을 받아 상황을 모면하는데...